Ngựa Yonaguni – một trong tám loài ngựa truyền thống Nhật Bản, loài ngựa nhỏ nhất tại Nhật Bản. Chỉ có trên đảo Yonaguni.
Bướm đêm Atlas – được địa phương hóa tên gọi thành ayami habiru, đây là loài bướm lớn nhất thế giới. Tại Nhật Bản, loài này chỉ được tìm thấy tại Yonaguni.
